在李庄期间担任医学院长的先是黄榕增，1941年5月为梁之彦，1942年2月由校长丁文渊兼，10月为阮尚丞，1944年由徐诵明兼，1945年8月为杜公振。这一时期，医学院前期在李庄建立起生理馆，解剖馆；后期在宜宾建立起病理馆，药物馆、细菌学馆、公共卫生研究馆和生物学馆。

　　在李庄五年，毕业生共计189人。1945年时，医学院学生有304人，教师45人（其中教授13人，副教授1人）。这一时期。医学院除史图博一人是德国教授外，其他都是中国教师，多数是同济自身培养出来的。他们在艰苦的条件下，克服各种困难，奔走于宜宾、李庄之间进行教学，坚持严谨求学的教学传统。医学院前期主要教授基础理论课，这些课程有些是由理学院教师担任。后期大部分课程必须结合临床实习，所以后期教师均在宜宾上课，并带领学生在附属医院住院部和门诊部实习。

　　史图博教授在李庄和中国师生同甘苦，共命运。当时。上海德国医学院负责人欧特来信，担出用高薪聘请他到该院教书，遭到他的严正拒绝。他每天从下麦坝宿舍到学校要走40分钟的路，不管刮风下雨，一直步行。有一天因路滑跌伤了腕骨，学校派出滑杆（一种简易竹制轿子）供他乘用，他谢绝后仍坚持步行到校上课。平时居家穿长袍、着布鞋，业余喜练汉字，向邻居学习华语，对中国人民怀有浓厚的感情。在1945年6月19日他60寿辰时，徐诵明校长送他一幅“高山仰止”的中国画，表达了同济师生对他的敬爱。

　　医学院在这一时期影响较大的学术研究是关于痹病的诊治。当时川南一带流行的痹病，又名麻脚瘟。发病初期皮肤发麻或局部肌肉麻痹，周身乏力；重者会产生腹痛，吐泻、四肢麻痹发展至胸部时即死亡。患者深受其苦但又不明致病原因，亦无根本治疗办法。之前有华西大学、中央大学派人去作过研究，未下结论。同济迁李庄后，有一次宜宾中学因聚餐后突有37人发病，上吐下泻，症状极似痹病之初。宜宾中学急邀本校医学院唐哲教授前去会诊，初步诊为钡中毒或磷中毒，但排除了人为所致。其后唐哲教授发表了《李庄所见之痹病》一文。内科部主任李化民教授研究后，也发表了《痹病》文章。医后期公共卫生研究所杜公振教授和邓瑞麟助教通过动物实验和反复研究终于查出了致病原因，是因为四川五通桥的食盐中含有毒的氯化钡，从而提出民预防和治疗的方案，挽救了成千上万的病人，对此，当地人民十分感激。

　　杜公振、邓瑞麟两人的这一研究成果，获得民国政府教育部1943年（第三届）全国应用科学类学术发明一等奖。

　　李庄同大医学院驻地在李庄祖师殿。

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