南麂列岛地处来热带海域，汽候温和湿润，四季分明，属于典型的中亚热带海洋性季风气候。特征是：冬暖夏凉，年平均气温16.5℃，极端气温2.7℃和34.1℃，日极端最高气温在30℃以上，年均降水量1063.4毫米，为浙江省海岛中降水量最丰富的地区，主要降水期集中在5-8月，占全年降水量的73%。无霜期365天，四季比大陆推迟40天。三是灾害性天气时有发生，主要是受台风袭击较频繁，据多年气象统计资料，均每年3.3次，5-11月都有台风影响，主要集中在7-10月份，最大风力12级以上。

　　最佳上岛时间：
　　浙江近海有一条北宽南窄的混水带，南麂列岛适值其末端外缘，故成为浙江近海少有的清水海区，水色以绿至浅蓝为主，透明度一般大于2米，夏秋季节最大可达7米以上，3月中旬台湾暖流开始影响该海区，透明度逐步增加，到10月份爱浙江沿海岸流影响，透明度逐渐下降，考虑到台风、海水水温和海水透明度的影响，故上岛最佳的时间应选在5-8月份，此段时间台风相对较少，海水的透明度也渐入佳境，水温在逐渐回升，适宜游泳。